辦理的具體流程：首先到工商局辦理營業執照，注冊為企業，可以是法人企業、非法人企業、個人獨資企業、合伙制企業等，個體工商戶不可以辦理備案憑證。然后到質監局辦理組織機構代碼證。最后到國家食品藥品監督管理總局網站用組織機構代碼注冊一個帳號，網上申報。網上申報《醫療器械備案申請表》需要提交的電子材料。
二、除了以上需要注意，我們辦理醫療器械資質也不可忽視以下幾點：
1、注意資質申報等級
資質代理機構幫助企業首次申請資質。一般情況下，其資質等級應按最低標準申請。
2、證書丟失及時補辦
醫療器械經營企業的資質證書丟失了，應當及時補辦，否則容易給醫療器械經營企業造成損失。補辦的話，需準備補辦資質證書申請書、以及公司不報資質所需的一些相關資料。
經營第二類醫療器械不需要辦理三類醫療器械經營許可證，只需要辦理備案憑證即可。
